1998年长江流域发生了流域性的大洪水，党中央国务院高度重视长江防洪体系建设，大幅度增加了对长江堤防工程建设的资金投入。1999年8月25日国务院第46次总理办公会议决定，长江一、二级堤防和重点堤防工程的穿堤建筑物、基础加固和防渗处理、抛石固基等施工难度大、技术要求高的工程（简称长江重要堤防隐蔽工程）由水利部长江水利委员会负责组织建设并承担相应责任。国务院随后又以国发[2000]20号文进一步明确。
长江重要堤防隐蔽工程（以下简称“隐蔽工程”）共计包含28个项目，工程区位于湖北、湖南、安徽、江西等四省所辖范围内的长江堤防及重要支流汉江、赣江大堤等2000多公里堤防上，其中长江干堤18项，支流堤防2项，河势控制或崩岸整治工程8项。
该工程主要建设内容包括防渗工程、护岸工程、穿堤建筑物加固等三类。防渗工程主要建设内容有土方开挖、回填，水泥土防渗墙、塑性混凝土防渗墙、高喷防渗墙，堤身锥探灌浆，堤身斜面土工膜、混凝土预制块护坡、草皮护坡，吹填盖重、压浸平台、粘土铺盖、堤内外填塘固基，减压井（沟）及其排水系统，新防洪墙建设与老防洪墙加固，堤顶防汛道路和安全监测等。护岸工程主要建设内容有土方开挖、回填，干（浆）砌石、混凝土预制块护坡，导滤沟，混凝土系排梁浇筑，水下抛石、抛柴枕、沉放钢丝网石笼、铰链混凝土预制块沉排及模袋混凝土（砂），钢筋混凝土抗滑桩或水泥土搅拌阻滑桩等。穿堤建筑物加固工程共有8座涵闸，分除险加固、原址重建、原址改建、移址改建4种形式。
隐蔽工程自2000年元月起陆续开工，于2004年完工。工程于2005年12月通过了水利部主持的竣工验收。隐蔽工程28个项目的设计概算为647,46488万元，由于下荆江河势控制工程（湖北段）等3个河控项目国家投资计划未全额下达，实际实施完成概算投资为610,026万元，实际使用资金467,952.36万元。
隐蔽工程严格按项目法人责任制、工程监理制、招标投标制、合同管理制运作。工程建设符合国家有关规程、规范要求，建设中采用了新材料、新技术和新工艺。工程质量满足设计要求，质量全部合格，分部工程优良率达72%。工程投资控制有效。建设征地已按批准的设计完成，移民得到妥善安置且生产生活条件得到改善。水土保持、环境保护措施全面落实，符合“三同时”制度。隐蔽工程的建成，极大的降低和减少了因崩岸和渗透对长江大堤安全构成的威胁，极大提高了长江干堤的防洪能力，增强了河势的稳定性。对保护区内人民生命财产安全、构建和谐社会环境、实现地区工农业生产持续发展有重要作用，是一项功在当代，利在千秋、造福子孙的民心工程。建成后的工程经过8~10年的运行，经受了考验，发挥了显著的防洪减灾效益。